Los mamíferos son más comunes en Panamá (229 especies), Nicaragua (225 especies), Costa Rica (211 especies), Guatemala (230 especies), El Salvador (130 especies) y Honduras (207 especies). Principalmente se encuentran venados, jaguares, pumas, colibríes, torogozes, quetzales, zopilotes, tapires y guacamayas.
En general todos los países de la región son ricos en biodiversidad: en Guatemala y El Salvador se presentan buenas oportunidades para observar aves; en Nicaragua buenas oportunidades para observar especies marinas Honduras es el que tiene más bosques de pinos, tiene el arrecife coralino más grande de América y el segundo del mundo, también tiene la Reserva de la Biosfera de Río Plátano un bosque con rica biodiversidad, diversos grupos étnicos y restos arqueológicos que está compitiendo para ser una de las siete maravillas naturales del mundo.
A continuación, las especies por país:
Belice: a pesar de su reducida superficie, alberga una gran biodiversidad. El país cuenta con el segundo mayor arrecife coralino del mundo y en él habitan numerosas especies de peces. Además en el interior del país se da la Selva Tropical. Belice fue el país pionero en la protección del jaguar, ya que en 1987 estableció la primera reserva de jaguares. El país cuenta con 150 especies de mamíferos, 275 especies de aves, 112 especies de reptiles, 38 especies de anfibios, 600 especies de peces (agua dulce y salada), 3.408 especies de plantas y un número indeterminado de especies de invertebrados. Es destacable que esta biodiversidad se encuentra protegida en la mayor parte del país mediante un excelente sistema de áreas protegidas; gracias al cual, menos del 2% de las especies beliceñas se hayan en peligro de extinción.
Costa Rica: alberga el 4,5% de las especies conocidas. En el país habitan, según los expertos, unas 500.000 especies; sin embargo, solo han identificado alrededor de 90.000 especies. Cerca de un 25% del territorio se encuentra protegido, lo cual favorece que la biodiversidad se conserve. Se han identificado 227 especies de mamíferos, 600 especies de aves, 232 especies de reptiles, 186 especies de anfibios, 172 especies de peces de agua dulce, 10.000 especies de plantas y un estimado de 300.000 especies de insectos. A pesar de que el país cuente con un excelente Sistema de Áreas Naturales Protegidas, cerca de 1.600 especies se hallan en peligro de extinción.
El Salvador: es el país más densamente poblado del continente. Muchos de sus ecosistemas se han perdido y muchas especies (por ejemplo el jaguar, el danto y el oso hormiguero) han desaparecido. No obstante en los fragmentos que quedan de la antigua Selva Tropical (que cubría la mayor parte del territorio salvadoreño) y en los reducidos manglares aún sobreviven numerosas especies. Todos los fragmentos de la antigua selva tropical salvadoreña se hallan protegidos y juntos suman algo más de 50.000 ha; el manglar, muy fragmentado, también está protegido. Entre todas las áreas protegidas del país suman casi el 4% del territorio salvadoreño. En el país se han identificado 162 especies de mamíferos, 215 especies de aves, 95 especies de reptiles, 32 especies de anfibios, 45 especies de peces de agua dulce, 3.000 especies de plantas y se estiman en varios miles las especies de invertebrados. El Ministerio de Medio Ambiente es el encargado de proteger la biodiversidad del país.
Guatemala: destaca por su variada biodiversidad. En el Petén se encuentra la Selva Maya, una de las más grandes al norte de la Amazonía. Además de la Selva Maya, el país cuenta con la Sierra de las Minas, en la cual viven cerca del 80% de las especies registradas en Guatemala y Belice. El país cuenta con 230 especies de mamíferos, 738 especies de aves, 250 especies de reptiles, 225 especies de peces de agua dulce y casi 9.000 especies de plantas. Casi el 20% del territorio guatemalteco se encuentra protegido.
Honduras: alberga por su ubicación un gran número de endemismos. Su vegetación, compuesta por 7.524 especies de plantas, da cobijo a una gran diversidad de aves (720 especies), de reptiles (211 especies), de mamíferos (218 especies), y de anfibios (111), en sus ríos nadan más de 89 especies de peces, pero en su litoral alrededor de 990, resaltando el tiburón ballena. En total más de 1.079 especies de peces. Cuenta con la Reserva de la Biosfera de Río Plátano, la cual tiene cerca de 7.000 km² de selva húmeda.
Nicaragua: tiene las mayores tierras forestales de toda América Central y la mayor cantidad de agua. Bosawás es una reserva de la biosfera en el norte del país; es también (junto con las selvas de la Mosquitia hondureña) la segunda selva más grande en el Hemisferio Occidental. Además de Bosawás; Nicaragua cuenta con la Reserva de la Biosfera Río San Juan, en la frontera con Costa Rica. Esta reserva protege los humedales más grandes de la región, así como las mayores selvas lluviosas del sur de América Central. En Nicaragua usted se encuentra el tiburón de agua dulce. La WCMC estimó para Nicaragua, en 1998, 300 especies de mamíferos, 582 especies de aves,220 reptiles, 170 especies de anfibios y 180 especies de peces y 190 peces de agua dulce. 9.997 especies de plantas y un estimado de 290.000 especies de insectos. El 40% del territorio se encuentra protegido. Nicaragua es el tercer país de Centroamérica con más reservas naturales pero hay muchas especies en peligro de extinción.
Panamá: el país más meridional de la región es también uno de los más biodiversos. Por su cercanía a América del Sur, alberga varias especies sudamericanas como el poncho o capibara (el roedor más grande del mundo), el oso frontino u oso de anteojos. y la guacamaya azul y amarillo (Ara ararauna). Esta causa hace que Panamá posea una mayor biodiversidad que otros países de la región, como El Salvador o Belice, y un mayor número de especies en algunos géneros. Es el primer país de la región en peces (1.497, las vecinas Costa Rica y Nicaragua albergan 1.254 y 1.176 especies respectivamente), en aves (957 especies) y en mamíferos (229 especies, incluyendo el mayor número de primates de la región) con notables endemismos como el mono aullador de Coiba (Alouatta coibensis), el agutí o ñeque de la isla de Coiba (Dasyprocta coibae) o el perezoso pigmeo de la isla Escudo de Veraguas (Bradypus pygmaeus). Posee 10.115 especies de plantas, de reptiles 229 especies y de anfibios 179 especies.
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